《神藏》的故事開始發生在金陵。金陵有座山叫做方山，山上有座道觀頹敗不堪。小道士方逸剛出生沒幾天就被父母拋棄在道觀外，是道觀里的老和尚收留了他並把他養大。方逸被老道士收留時，僅有身上佩戴的一塊由高僧眉骨製作的、神秘的佛門法器嘎巴拉。老道士死後，方逸遵師囑下山，與自己的少年夥伴一起進入現實世界。在一次車禍中，嘎巴拉融入了他的身體，從此方逸竟具有了改變物件歲月的超能力。憑此異能，他闖蕩於文玩行當，結識警花，古墓探險，追查身世……